生物安全實驗室空氣消毒的常用方法有紫外線照射、化學消毒劑噴霧等。由于紫外線照射需要對被消毒物體表面或氣體進行直接照射才有作用，對被遮擋的墻壁表面、地面、工作臺面等不能有效消毒滅菌，故在高等級生物安全實驗室的終末消毒中基本采用氣體熏蒸消毒方式。近年來部分高等級生物安全實驗室開始采用氣化過氧化氫（H2O2）進行消毒。

甲醛氣體的消毒效果受環境溫度和濕度影響較大，消毒時需嚴格控制溫濕度在規定范圍內。在溫度高于20℃時，甲醛氣體能夠殺死所有微生物及其孢子，但對朊蛋白沒有滅活性。甲醛消毒時間相對較長，并需要相對濕度達到70％左右。

甲醛熏蒸消毒因為具有廣譜殺菌、使用方便和價格低廉等優點，已成為國內普遍的消毒、滅菌方法。但由于甲醛具有刺鼻的氣味，其氣體會刺激眼睛和黏膜，已被確認具有致癌風險，消毒后需要中和，再進行排風換氣。因甲醛消毒后會有殘留，要注意擦拭去除物體表面的微量殘留。

過氧化氫具有廣譜、高效、速效、無毒、對金屬及織物有腐蝕性、受有機物影響大、純品穩定性好、稀釋液不穩定等特點?，F有產品中多添加其他成分來穩定過氧化氫，增強其殺菌作用并降低其腐蝕性。過氧化氫消毒的主要優點是干燥、作用快速、無毒、無殘留。

二氧化氯不同于一般的含氯消毒劑，其主要通過氧化而不是氯化發揮其消毒作用，從而避免消毒過程中產生有機氯化物，具有廣譜、高效、速效、對金屬有腐蝕性對織物有漂白作用、消毒效果受有機物影響大的特點。

通風大系統消毒模其工作原理為：消毒工況下，關閉通風空調系統的送、排風機及送、排風主管上的生物密閉閥，開啟旁通消毒風管設置在送、排風主管之間）上的生物密閉閥，啟動消毒風機（排風機可兼作消毒風機），在室內或管道上發生或注入消毒劑氣體，系統循環運行進行消毒。

通風大系統消毒模式在歐洲高等級生物安全實驗室中應用較多，在我國高等級生物安全實驗室中應用不是很多，但在我國獸用生物制品生產車間中應用較多。我國首個四級生物安全實驗室（中國科學院武漢病毒研究所四級生物安全實驗室）采用了這種消毒模式。

密閉熏蒸消毒模式，其工作原理為：以實驗室房間為單元，關閉送排風機組、風管密閉閥和實驗室門，使實驗室處于密閉狀態，在房間內發生消毒劑氣體或在房間外發生消毒劑氣體，通過專用消毒管道注入實驗室。

國內多家高等級生物安全實驗室使用單位，發現存在的困惑是：當采用密閉熏蒸消毒時，若存在多個核心工作間，當沒有多個消毒設備可以同時進行消毒時，消毒中、消毒后和未消毒的房間存在彼此污染的風險，甚至會污染吊頂、外圍走廊等周圍環境。